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云南省艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型毒株 gag基因的变异特征
作者单位:云南省传染病医院/艾滋病关爱中心检验科;昆明医科大学公共卫生学院
基金项目:国家自然科学基金地区基金(81960605);
摘    要:目的调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)毒株gag基因序列的变异特征。方法利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染/艾滋病患者, 收集其流行病学信息, 采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析, 采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1gag基因, 并进行基因分型, 采用MEGA 6.06软件构建系统进化树, 采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸, 采用Distance程序计算gag, 以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。结果 404例患者成功获得gag基因序列, 其中以男性居多(250例, 61.9%), 年龄为40~59...

关 键 词:HIV-1  亚型  传播簇  遗传变异
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