| 利用转录组分析款冬萜类化合物生物合成关键酶基因及表达特征 |
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| 引用本文： | 贺润丽,王晓英,韩毅丽,刘计权,杜晨晖,王莉花. 利用转录组分析款冬萜类化合物生物合成关键酶基因及表达特征[J]. 中草药, 2020, 51(20): 5302-5310 |
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| 作者姓名： | 贺润丽 王晓英 韩毅丽 刘计权 杜晨晖 王莉花 |
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| 作者单位： | 山西中医药大学, 山西太原 030619;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所, 云南省农业生物技术重点实验室, 农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室, 云南 昆明 650223 |
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| 基金项目： | 山西省国际科技合作项目（批准号：2012081045-1）；山西省现代农业产业技术体系建设专项；山西省中药现代化关键技术研究振东专项（2016ZD0108）；山西省重点研发计划（201803D221012-6）；山西中医药大学科技创新团队项目（2018-TD-009）；云南省人才培养项目（2014HB062） |
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| 摘 要： | 目的挖掘与款冬萜类化合物生物合成途径相关的关键酶基因。方法利用Illumina HiSeq2500测序平台对野生款冬花蕾和叶进行转录组测序,使用Trinity软件de novo从头组装,并通过基因功能注释、差异表达基因分析等生物信息学方法进行分析,挖掘款冬中萜类化合物生物合成途径相关的酶基因。结果转录组测序获得39 912 371条高质量reads(SRA号:SRR9113366,SRR9113367),组装获得91 118条Unigene,55 830条Unigene在NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG等数据库得到注释。鉴定出参与款冬萜类化合物生物合成相关酶基因的129个Unigene,包括91个参与三萜骨架生物合成酶基因,32个萜类合成酶基因,6个细胞色素P450基因,其中差异表达基因25个,涉及上游MVA途径的4个差异基因在花蕾中表达量高于叶,MEP途径的5个差异基因在叶中表达高于花蕾,另外还有10个基因在叶中高表达,9个基因在花蕾中高表达。根据差异基因HMGR、TPS、AS、CYP450基因在花蕾中高表达,推测可能与花蕾中萜类物质含量高有关。结论从款冬转录组数据库中初步获得了可能参与萜类化合物生物合成途径的候选关键酶基因,为进一步阐明款冬萜类化合物生物合成的分子机制奠定基础。
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| 关 键 词： | 款冬 转录组 萜类化合物 生物合成 基因表达 |
| 收稿时间： | 2020-02-03 |
Analysis of key genes and their expression characteristics related to terpenoid biosynthesis in Tussilago farfara based on transcriptome sequencing |
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| HE Run-li,WANG Xiao-ying,HAN Yi-li,LIU Ji-quan,DU Chen-hui,WANG Li-hua. Analysis of key genes and their expression characteristics related to terpenoid biosynthesis in Tussilago farfara based on transcriptome sequencing[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2020, 51(20): 5302-5310 |
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| Authors: | HE Run-li WANG Xiao-ying HAN Yi-li LIU Ji-quan DU Chen-hui WANG Li-hua |
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| Affiliation: | Shanxi University of Chinese Medicine, Taiyuan 030619, China; Key Lab of Southwestern Crop Gene Resources and Germplasm Innovation, Ministry of Agriculture, Yunnan Provincial Key Laboratory of Agriculture Biotechnology, Biotechnology and Germplasm Resources Institute, Yunnan Academy of Agriculture Sciences, Kunming 650223, China |
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