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| 基因芯片技术分析siRNA抑制多效生长因子表达后Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化 | |
| 引用本文： | 胡迎春,周乔丹,张博,杨柳,SONG Bo-Qiang,宋博强,李刚,吴德昌,霍艳英.基因芯片技术分析siRNA抑制多效生长因子表达后Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化[J].军事医学科学院院刊,2007,31(5):405-410. |
| 作者姓名： | 胡迎春 周乔丹 张博 杨柳 SONG Bo-Qiang 宋博强 李刚 吴德昌 霍艳英 |
| 作者单位： | 1. 军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京,100850 2. 重庆医科大学病理学教研室,重庆,400016 3. 军事医学科学院附属307医院,北京,100071 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金 , 北京市自然科学基金 |
| 摘 要： | 目的:应用基因芯片技术,分析siRNA抑制Pleiotrophin基因表达后,Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化.方法:选用Agilent公司的小鼠oligo芯片,分别提取siRNA抑制Pleiotrophin基因表达前后Pten-/-MEF241细胞的RNA,反转成cDNA,进一步荧光标记后进行芯片杂交,杂交结果经扫描及软件分析,最后Ration值为cy3/cy5(即实验组/对照组).差异基因筛选标准为正标Ratio(Cy3/Cy5)≥2同时反标Ratio(Cy3/Cy5)≤0.5.部分上调及下调基因的表达水平用RT-PCR及Northern杂交进行了验证.结果:siRNA介导Pleiotrophin基因沉默后,表达上调2倍以上的基因有240个,下调0.5倍以上的基因有129个.其中,上调10倍以上的基因有与DDK综合征相关的Schlafen家族成员Slfn2、3、4,基质蛋白金属酶Mmp3、10、13,白介素IL-1a、IL-f6等;下调5倍以上的基因有钙结合蛋白S100a8、视黄醇结合蛋白Rbp4、二肽酶Dpep1等.RT-PCR及Northern杂交验证结果与芯片结果吻合.结论:应用基因表达谱芯片成功分析了RNAi抑制Pleiotrophin基因表达后Pten-/- MEF241细胞基因表达谱的变化,挑选并鉴定出一批有意义的基因,为后续的深入研究提供了基础. |
| 关 键 词： | 寡核苷酸序列分析 基因表达 基质金属蛋白酶 逆转录聚合酶链反应 基因芯片 技术分析 siRNA 多效 生长 因子表达 细胞基因表达谱 变化 gene expression profiles cDNA microarray 研究 意义 RNAi 成功分析 表达谱芯片 二肽酶 视黄醇结合蛋白 白介素 金属酶 基质蛋白 |
| 文章编号： | 1000-5501（2007）05-0405-06 |
| 修稿时间： | 2007-03-19 |
The Change of gene expression profiles in Pten-/- MEF241 cells detected by cDNA microarray |
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| SONG Bo-Qiang.The Change of gene expression profiles in Pten-/- MEF241 cells detected by cDNA microarray[J].Bulletin of the Academy of Military Medical Sciences,2007,31(5):405-410. | |
| Authors: | SONG Bo-Qiang |
| Institution: | 1. Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 100850,China; 2. Department of Pathology, Chongqing University of Medical Sciences, Chongqing 400016, China ;3. The 307th Hospital of PLA, Beijing 100071, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | |
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