Hsa-miR-1在人食管癌细胞株中的表达及生物信息学分析 |
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作者姓名: | 蒋森 付海龙 徐广峰 王秀芳 赵亚萍 杜云翔 |
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作者单位: | 1. 蚌埠医学院,安徽蚌埠233000;中国人民解放军第82医院 2. 中国人民解放军第82医院 |
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基金项目: | 江苏省淮安市产学研合作促进计划专项资金资助项目 |
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摘 要: | 目的探讨Hsa-miR-1在人类食管癌发病中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测分析,从而为后续Has-mir-1功能的研究提供线索。方法通过实时荧光定量PCR法,检测人食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中Hsa-miR-1的相对表达水平;应用miRBase获取、分析Hsa-miR-1序列特征并比较其同源性大小;应用HGNC、NCBI mapviewer、UCSC Browser工具分析Hsa-miR-1所在基因组特征;应用TargetScan6.1、PicTar及miRanda预测Hsa-miR-1的靶基因,取三者预测结果交集,并结合已证实的靶基因,进行功能注释(Gene Ontolo-gy)和通路富集分析(Pathway enrichment)。结果 KYSE150中Hsa-miR-1表达显著低于Het-1A细胞;Hsa-miR-1在物种进化上具有很强的保守性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论 Hsa-miR-1可能参与了食管癌的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路;此为后续Hsa-miR-1生物学功能的研究奠定了基础。
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关 键 词: | Hsa-miR-1 细胞株 生物信息学 食管肿瘤,食管癌 |
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