| 副溶血弧菌RIMD2210633与霍乱弧菌N16961中超级整合子结构差异分析 |
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| 引用本文： | 卢昕,阚飙,逄波.副溶血弧菌RIMD2210633与霍乱弧菌N16961中超级整合子结构差异分析[J].中国预防医学杂志,2013(4):256-259. |
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| 作者姓名： | 卢昕 阚飙 逄波 |
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| 作者单位： | 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所腹泻病室,北京102206 |
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| 基金项目： | 国家科技重大专项“传染病实验室检测核心技术和技术体系研究”（2012ZX10004215）;国家科技重大专项“基于全基因组序列的细菌分型技术”（2013ZX10004221） |
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| 摘 要： | 目的确定副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)RIMD2210633与霍乱弧菌(Vibrio cholerae)N16961菌株中超级整合子结构特点差异。方法 (1)使用Perl脚本搜寻RIMD2210633和N16961中superintegron(SI)中核心序列(core segment,CS)和反向核心序列(inverted core segment,ICS);(2)配对核心序列和反向核心序列,获得副溶血弧菌重复序列(V.parahaemolyticus repeat,VPR)及霍乱弧菌重复序列(V.cholerae repeat,VCR)基因组位置信息;(3)使用Perl语言脚本获得副溶血弧菌RIMD2210633以及霍乱弧菌N16961的SI中重复序列,并获得基因盒的构成和分布信息;(4)使用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VPR和VCR序列进行多序列比对,使用Perl语言脚本处理比对结果以获得一致性序列;(5)使用MEGA 4.0查看多序列比对结果,并使用Perl脚本计算各位置的变异频率,据此结果来分析副溶血RIMD2210633和霍乱弧菌N16961中的弧菌重复序列以及基因盒分布的特点。结果在RIMD2210633的超级整合子鉴定了69个VPR,其核苷酸长度在91～125bp之间。在包含128个核苷酸的一致性序列中,15个为保守核苷酸位点,113个为可变核苷酸位点。在副溶血弧菌的SI中,共确定了64个基因盒,基因盒的长度范围是420～1 709bp,中位数是648bp。在霍乱弧菌N16961的超级整合子中鉴定了158个VCR,长度在117～124bp之间。在包含126个核苷酸的一致性序列中,37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点。N16961的SI中共存在146个基因盒,基因盒的长度范围是390～5924bp,中位数是1 518bp。结论与霍乱弧菌的VCR相比,副溶血弧菌的VPR可变区序列变异更大,与弧菌重复序列之间序列一致性高的特点不相吻合。
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| 关 键 词： | 超级整合子 副溶血弧菌 霍乱弧菌 VCR VPR 基因盒 |
Structural comparison of super integron in Vibrio parahaemolyticus RIMD2210633 and Vibrio cholerae N16961 |
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| LU Xin,KAN Biao,PANG Bo.Structural comparison of super integron in Vibrio parahaemolyticus RIMD2210633 and Vibrio cholerae N16961[J].China Preventive Medicine,2013(4):256-259. |
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| Authors: | LU Xin KAN Biao PANG Bo |
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| Institution: | Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Vibrio parahaemolyticus Vibrio parahaemolyticus ~ Super integron VCR VPR Gene cas-sette |
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