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基于SNP位点鉴定砂仁药材物种
引用本文:焦文静,张鹏,廖保生,王丽丽,韩建萍.基于SNP位点鉴定砂仁药材物种[J].世界科学技术-中医药现代化,2014,16(2):295-300.
作者姓名:焦文静  张鹏  廖保生  王丽丽  韩建萍
作者单位:中国医学科学院北京协和医学院/药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室 北京 100193;北京化工大学生命科学与技术学院 北京 100029;北京化工大学生命科学与技术学院 北京 100029;中国医学科学院北京协和医学院/药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室 北京 100193;中国医学科学院北京协和医学院/药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室 北京 100193;中国医学科学院北京协和医学院/药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室 北京 100193
基金项目:国家自然科学基金委青年基金项目(81001608):基于全叶绿体基因组分析筛选乌头属药用植物DNA 条形码序列,负责人:韩建萍。
摘    要:目的:为建立基于单核苷酸多态性(SNP)技术鉴别砂仁3 个基原(阳春砂Amomum villosum、海南砂Amomum longiligulare、绿壳砂Amomum villosum var.xanthioides)的方法,对这3 个种共计60 份材料ITS2 序列进行分析比较。方法:将实验所得砂仁ITS2 序列,应用CodonCode Aligner 软件进行序列拼接比对。用MEGA 5.0 导出各序列变异位点,并对变异位点进行分析。为验证结果准确性,下载砂仁3 个基原GenBank 的所有ITS2 序列,共计34 条,对结果进行验证。结果:砂仁ITS2 序列比对后长度为230 bp,3个不同基原在135 bp 和199 bp 处存在稳定SNP(s)变异位点。结论:本研究开发的两个稳定的SNP(s)位点可以快速准确地鉴定砂仁药材3 个基原。

关 键 词:砂仁  ITS2  SNP  位点  鉴定
收稿时间:2/8/2014 12:00:00 AM
修稿时间:2014/2/18 0:00:00

A Rapid SNP-based Identification Method for Distinguishing the Three Origins of Fructus Amomi
Jiao Wenjing,Zhang Peng,Liao Baosheng,Wang Lili and Han Jianping.A Rapid SNP-based Identification Method for Distinguishing the Three Origins of Fructus Amomi[J].World Science and Technology-Modernization of Traditional Chinese Medicine,2014,16(2):295-300.
Authors:Jiao Wenjing  Zhang Peng  Liao Baosheng  Wang Lili and Han Jianping
Abstract:
Keywords:Fructus Amomi  ITS2  SNPs  identification
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