2009甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶参照序列的建立及特征分析

目的建立2009甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)区的参照序列并分析其特征。方法通过GenBank获得100株来自2009甲型H1N1流感病毒NA区全基因序列,利用Pri mer软件进行序列比对,采取相同碱基或氨基酸位置相同碱基或氨基酸最多者作为参照碱基或氨基酸,最终获得参照序列,同时分析所有入选病毒株的基因及氨基酸变异情况;将参照序列与1918年(1918E)、1934年(1934E)流行株,2008年(2008V)、2009年(2009V)疫苗株以及欧亚猪H1N1流感病毒流行株(SWINE)和人禽流感H5N1流行株(H5N1)序列进行比对,分析其基因变异、二硫键和活性中心分布、糖基化位点、抗原表位等特征。结果建立了2009甲型H1N1流感病毒NA区参照序列,与参照株比较,所有分离株的核苷酸及氨基酸同源性均99.00%,核苷酸变异≥5株的位点有6个,氨基酸变异≥5株的位点有2个;该参照序列与相关病毒株核苷酸同源性分别99.79%(2009V)、77.66%(2008V)、78.01%(1934E)、83.19%(1918E)、92.13%(SWINE)、81.91%(H5N1),氨基酸同源性分别为99.57%(2009V)、80.81%(2008V)、80.81%(1934E)、87.42%(1918E)、92.32%(SWINE)、84.22%(H5N1);二硫键和活性中心分布高度保守;2009C与2009V和1918E病毒株糖基化位点类似,与其他病毒株差异较大;抗原表位与2009V完全相同,而与2008V相比,已知存在的表位分别为3?1(B细胞表位)、2:1(Th细胞表位)和7:3(CTL细胞表位)。结论该参照序列可以作为2009甲型H1N1流感病毒NA区参照序列,成为分析基因变异或氨基酸变异的标准。

Establishment of Neuramidinase Reference Sequence and Analysis of Influenza A (H1N1) Virus in 2009