| 野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究 |
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| 引用本文： | 李翠婷,张广辉,马春花,孟珍贵,陈军文,杨生超. 野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究[J]. 中草药, 2014, 45(10): 1468-1472 |
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| 作者姓名： | 李翠婷 张广辉 马春花 孟珍贵 陈军文 杨生超 |
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| 作者单位： | 云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（81303164）；国家“十二五”支撑计划课题（2011BAI13B01） |
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| 摘 要： | 目的 分析野三七Panax vietnamensis var. fuscidiscus（PVF）转录组中的SSR位点信息，并设计简单重复序列（SSR）引物，以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法 利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes，对其SSR位点信息进行了分析；在此基础上利用Primer3设计SSR引物，并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果 在野三七的转录组中，共搜索到21 320个SSRs，分布于17 780条unigenes，SSR位点出现频率为16.82%。SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型，占总SSRs的52.52%；其次是三核苷酸重复基序（28.08%）。SSRs所包含的重复基元中，二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型，占总SSRs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增，其中29对（96.67%）扩增出清晰、可重复的条带，15对（50.00%）扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图，将13个材料分为2类。结论 野三七转录组中SSR位点出现频率高，类型丰富；大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。
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| 关 键 词： | 野三七 转录组 SSR信息 多态性 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2013-12-23 |
Analysis on SSR loci information in transcriptome of Panax vienamensis var. fuscidiscus and its polymorphism |
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| LI Cui-ting,ZHANG Guang-hui,MA Chun-hu,MENG Zhen-gui,CHEN Jun-wen and YANG Sheng-chao. Analysis on SSR loci information in transcriptome of Panax vienamensis var. fuscidiscus and its polymorphism[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2014, 45(10): 1468-1472 |
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| Authors: | LI Cui-ting ZHANG Guang-hui MA Chun-hu MENG Zhen-gui CHEN Jun-wen YANG Sheng-chao |
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| Affiliation: | Yunnan Research Center on Good Agriculture Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agriculture Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agriculture Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agriculture Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agriculture Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agriculture Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agriculture University, Kunming 650201, China |
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