| 摘 要： | 柴胡是我国传统中药材,主要用于治疗感冒及保肝护肝等。三岛柴胡是日本栽培品种,在我国和韩国等国家地区亦有种植。在大规模全基因组深度测序之前,需要进行低覆盖度的基因组Survey测序,以评价基因组的大小及复杂程度,确定适合该植物全基因组测序研究策略。该研究采用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2000)进行了三岛柴胡的Survey测序分析,并对所获得基因组序列进行了SSR分析,利用Primer 3设计SSR特异引物并随机选择33对引物以三岛柴胡DNA为模板,进行PCR扩增,对PCR体系以及最佳退火温度进行筛选。共获得了288. 64 G基因组数据,估计基因组大小为2 119. 58Mb,测得基因组数据深度为138×,杂合率为1. 84%,重复序列比例为83. 89%,推测三岛柴胡基因组属于复杂基因组。采用K-mer=41初步组装,得到contig N50 224 bp,总长896. 97 Mb,scaffold N50 313 bp,总长922. 67 Mb。三岛柴胡基因组序列数据中,共检测到91 377条SSR序列,分布于70 809条独立基因。主要类型为二核苷酸重复,存在49 680条,占比70. 16%。在合成的33对引物中,有21对引物成功扩增出目标条带。研究结果为后续大规模基因组测序、开发鉴定柴胡种质和性状定位的SSR分子标记奠定了基础。
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