| RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测和区分SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5变异株 |
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| 引用本文： | 马玉楠,邹丽容,梁源浩,刘泉汛,孙倩,庞玉莲,林洪青,邓小玲,唐时幸.RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测和区分SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5变异株[J].南方医科大学学报,2023(4):516-526. |
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| 作者姓名： | 马玉楠 邹丽容 梁源浩 刘泉汛 孙倩 庞玉莲 林洪青 邓小玲 唐时幸 |
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| 作者单位： | 1. 南方医科大学公共卫生学院流行病学系;2. 广东省疾病预防控制中心病原微生物研究所,中国医学科学院广东省新发传染病防治工作站;3. 南方医科大学南方医院感染科 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（81874216,81971574）~~； |
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| 摘 要： | 目的 建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法。方法 结合逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）与CRISPR基因编辑技术，基于次优原间隔区相邻基序（suboptimal-PAM）设计奥密克戎BA.4/5变异株特异性的CRISPR RNA(crRNA)，从而建立RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测新冠病毒BA.4/5变异株的方法。本研究检测了43例新冠病毒阳性的临床样本（包括新冠病毒野生株以及变异株Alpha、Beta、Delta、奥密克戎BA.1和BA.4/5）以及20例新冠病毒阴性的临床样本（包括11种常见呼吸道病原体），并以测序结果为金标准计算PCR/CRISPR-Cas12a检测方法的ROC曲线下面积（AUC）以及灵敏度（SEN）、特异性（SPE）、一致性（Kappa）评价检测方法的性能。结果 本研究筛选到两条特异性crRNA-1和crRNA-2，所建立的方法可在30 min内快速特异地检测出SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株，最低检测限为10 copies/μ...
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| 关 键 词： | 聚合酶链式反应 CRISPR基因编辑 新冠核酸检测 奥密克戎 BA.4/5变异株 |
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