EHHADH是肝细胞癌脂肪酸代谢通路的关键基因:基于转录组分分析

目的 基于多数据库数据探索肝细胞癌（HCC）发生发展的驱动基因并挖掘HCC治疗的新生物靶点。方法 采用从TCGA、GEO和ICGC数据库中获取的858例HCC组织数据与493例癌旁组织数据（共1351例转录组和基因组数据），运用GSEA筛选HCC与癌旁的差异通路，进而筛选差异通路中显著富集的基因，获得Hub基因3-hydroxyacyl CoA脱氢酶（EHHADH）。基于TCGA的HCC数据集分析与EHHADH转录组水平下调相关的基因突变，发现TP53突变最显著相关。利用相关性分析探究TP53突变导致EHHADH表达下调的机制。基于Metascape数据库预测EHHADH参与HCC发展的信号通路，发现与铁死亡信号通路显著相关。对30例HCC癌组织及配对的癌旁正常组织进行免疫组化染色，验证EHHADH的表达情况。结果 三个HCC数据集均显示EHHADH在癌组织中相对于癌旁组织显著低表达（P<0.05），且和肝细胞去分化程度显著相关（P<0.01）。TCGA的HCC数据集体细胞突变景观分析显示HCC患者基因组中TP53突变率比例最高。EHHADH上游基因PPARGC1A转录组水...