| 摘 要： | 目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的2者交集,筛选ETP ALL差异表达基因集(differentially expressed genes,DEG)分别进行功能富集和相互作用的分析;再利用网络模块划分方法筛选DEG核心基因,并利用mirDIP、star Base在线工具对核心基因上游miRNA、lncRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因424个,基因本体(gene ontology,GO)功能富集于转录调控、信号通路及蛋白功能活化等生物学活性,KEGG通路富集于造血、缺氧应激反应、转录失调、免疫等功能;通过两者相互关联分析。获得7个核心基因,并先后预测到7个miRNA和19个lncRNA符合筛选标准,最后构建出1个lncRNA-miRNA-mRNA-pathway调控网络。结论:基于数据挖掘方法筛选获得ETP ALL中的差异表达基因集,通过共表达分析寻找到其中的核心基因,并对核心基因上游miRNA,lncRNA进行预测,为ETP ALL的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的区别于经典T-ALL的ETP ALL肿瘤标志物。
|
