基于生物信息学方法筛选结直肠癌转移的相关基因

目的：　应用生物信息学对基因芯片数据进行分析，探讨结直肠癌的转移机制，寻找潜在的转移及预后标记物。方法：　从GEO数据库选取GSE41568、GSE68468进行分析，使用R语言limma包筛选结直肠原发癌与转移瘤之间的差异基因，获得2个数据集的共同差异基因；运用clusterProfiler包进行功能富集分析并进行可视化；通过STRING数据库、Cytoscape软件进行蛋白质互作网络分析及关键模块的筛选；使用TCGA数据库的结直肠癌数据对差异基因进行表达分析和生存分析。结果：　共筛选出108个共同差异基因；通过基因富集分析发现，差异基因主要富集在补体及凝血级联等通路及生物学过程中；通过蛋白质互作网络分析发现3个关键模块；基于TCGA数据对共同差异基因分析发现，CLCA1、COLEC11、FCGBP、PDZD2、SERPINA1、SPINK4共6个基因在Ⅰ-Ⅱ和Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌的表达有显著差异（P<0.05），并且与结直肠癌的预后显著相关（P<0.05）。结论：　通过生物信息学筛选出108个共同差异基因及3个关键模块，并得到6个预后相关基因，为研究结直肠癌的转移机制及预后、靶向治疗提供了一定的理论支持。

Identification of related genes associated with colorectal cancer metastasis based on bioinformatics analysis