| 胶质母细胞瘤中lncRNA GAS5相关m6A基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 朱潇鹏,刘超,陈泽波,李锐,韩德清,黄永凯.胶质母细胞瘤中lncRNA GAS5相关m6A基因的生物信息学分析[J].临床神经外科杂志,2022(1):44-49. |
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| 作者姓名： | 朱潇鹏 刘超 陈泽波 李锐 韩德清 黄永凯 |
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| 作者单位： | 株洲市中心医院神经外科 |
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| 基金项目： | 湖南省卫生健康委科研计划基金(B2019200);湖南省技术创新引导计划基金(2018SK52802);株洲市科技计划项目(2020-006)。 |
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| 摘 要： | 目的采用生物信息分析技术探讨胶质母细胞瘤中和长链非编码RNA GAS5相关的m6A基因的筛选及临床特征分析。方法从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据。根据TCGA胶质母细胞瘤患者GAS5基因的表达量做相关性分析,筛选出GAS5相关m6A基因。通过权重基因共表达网络分析(WGCNA)构建加权基因共表达网络,寻找协同表达的基因模块,筛选GAS5共表达的基因。GAS5共表达的基因和GAS5相关m6A基因取交集。CGGA数据库分析筛选出的基因与胶质瘤患者的临床特征及预后之间的关系。结果分析的13个m6A基因中,相关性系数> 0.4,P<0.001,7个基因(HNRNPC、FTO、KIAA1429、ALKBH5、YTHDF2、WTAP、YTHDC2)与GAS5相关,其中HNRNPC、KIAA1429、YTHDF2、WTAP呈正相关,FTO、ALKBH5、YTHDC2呈负相关。通过构建WGCNA网络,筛选GAS5共表达的基因,brown模块共1 292个基因与GAS5相关性最高(cor=0.84,P=1e-200)。HNRNP...
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| 关 键 词： | 胶质瘤 生物信息学分析 m6A甲基化 长链非编码RNA 预后 |
Bioinformatics analysis of lncRNA GAS5-related m6A gene in glioblastoma |
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| Institution: | (Department of Neurosurgery,Zhuzhou Central Hospital,Zhuzhou 412000,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | glioblastoma bioinformatics analysis m6A methylation long non-coding RNA prognosis |
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