| 新型三维氨基酸结构描述符的研究及其在多肽QSAR中的应用 |
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| 引用本文： | 丁俊杰,丁晓琴,赵立峰,陈冀胜. 新型三维氨基酸结构描述符的研究及其在多肽QSAR中的应用[J]. 药学学报, 2005, 40(4): 340-346 |
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| 作者姓名： | 丁俊杰 丁晓琴 赵立峰 陈冀胜 |
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| 作者单位： | 北京药物化学研究所,北京,102205 |
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| 摘 要： | 目的建立一套新型的氨基酸残基结构描述符，用此描述符进行多肽的定量构效关系研究。方法通过理论计算得出167个氨基酸结构描述参数，再对167个参数进行主成分分析，从中提取出与氨基酸残基的三维结构性质密切相关的三个结构描述参数c1，c2，c3-scales。然后采用G/PLS算法，建立氨基酸残基结构描述符c-scales与多肽生物活性之间的函数关系，确定多肽的QSAR模型。结果用此方法建立的苦味二肽、ACE抑制剂二肽和缓激肽增效剂五肽的QSAR模型，均有较好的拟合和预测能力，交叉验证相关系数和相关系数都在0.70以上。结论氨基酸残基结构描述符c-scales能定量的描述氨基酸的三维结构性质，而且利用此描述符能建立预测能力较强的多肽QSAR模型。
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| 关 键 词： | 氨基酸残基结构描述符 多肽定量构效关系 主成分分析 遗传偏最小二乘算法 |
| 收稿时间： | 2004-06-10 |
New 3D amino acid structure descriptors and its application to the polypeptide QSAR |
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| DING Jun-jie,DING Xiao-qin,ZHAO Li-feng,CHEN Ji-sheng. New 3D amino acid structure descriptors and its application to the polypeptide QSAR[J]. Acta pharmaceutica Sinica, 2005, 40(4): 340-346 |
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| Authors: | DING Jun-jie DING Xiao-qin ZHAO Li-feng CHEN Ji-sheng |
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| Affiliation: | DING Jun-jie,DING Xiao-qin *,ZHAO Li-feng,CHEN Ji-sheng |
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