2种药用獐牙菜叶绿体基因组密码子偏好性分析

目的研究川西獐牙菜Swertia mussotii Franch.和蒙自獐牙菜Swertia leducii Franch.叶绿体基因组密码子偏好性的使用模式。方法以川西獐牙菜、蒙自獐牙菜叶绿体基因组中各筛选到的52条蛋白质编码序列为研究对象,利用CodonW、CUSP、SPSS软件对其密码子的使用模式和偏好性进行分析。结果川西獐牙菜、蒙自獐牙菜的第3位密码子平均GC含量分别为29.02%、29.04%,表明叶绿体基因组内富含A/T碱基;有效密码子数(ENC)范围分别为35.75～55.75、37.65～55.78,表明多数密码子偏性较弱;相对同义密码子使用度(RSCU)分析显示,RSCU>1的密码子各有32个,其中29个以A、U结尾;中性绘图分析显示,GC3与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率分别为-0.095 8、0.203 9,表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响;ENC-plot分析发现,大部分基因落在曲线下方及周围,表明突变会影响密码子偏性的形成。此外,5个密码子被鉴定为川西獐牙菜和蒙自獐牙菜的最优密码子。结论川西獐牙菜、蒙自獐牙菜叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受...