一步法RT-PCR从临床样本中检测到鼻病毒基因

目的建立一步法RT-PCR检测临床样本鼻病毒基因,并对扩增产物进行测序分析。方法在鼻病毒基因组5’端非编码区选择一对鼻病毒特异性兼并引物建立一步法RT-PCR系统。对2004年春季收集的78份急性呼吸道感染患儿鼻咽拭子样本进行鼻病毒基因筛测,对扩增阳性的样本进行核苷酸测序并用生物信息学软件分析。结果78份鼻咽拭子样本用一步法RT-PCR检测出鼻病毒基因阳性11份,阳性率为14．1％,其中包括临床诊断为上呼吸道感染7例、支气管炎3例、肺炎1例。11份鼻病毒阳性样本用测序引物扩增并测序,测得的核苷酸序列经blast比对,与GeneBank中鼻病毒序列同源性分别高达89．0％～95．5％;11份样本序列之间的核苷酸同源性为75．2％～91．8％,核苷酸水平变异率为8．8％～31．0％;11份样本序列在进化树中聚类为两簇;11份样本序列高度保守区基因突变多为固定位点的单个核苷酸变异。结论所建立的一步法RT-PCR系统检测鼻病毒基因有快速、简便、特异性高的优点,适用于临床检测。临床样本测序分析发现,鼻病毒基因组有高度变异的特点。

Detection of human rhinovirus genes from clinical sample by one-step RT-PCR