2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒，SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征，为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序，获得全基因组序列，应用在线分析平台，判断病毒型别；利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析，构建系统进化树，鉴定特异性变异位点，分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株，基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt，覆盖度为99.1%～99.7%，共有103个核苷酸突变位点，94个氨基酸突变位点，突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区；其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大，R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点，T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点，Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...