恙虫病东方体Ot56蛋白序列生物信息学分析

目的分析恙虫病东方体Ot56蛋白序列中的变异区和保守区，为恙虫病的蛋白与核酸诊断提供参考。方法从Gen Bank获取目标序列，用Lasergene、MEGA、Vector NTI suite、Athe Port和NCBI Blast等工具进行分析。结果120条Ot56氨基酸序列的相似性为61.4％-100.0％，变异度为0.0～57．1；氨基酸的105-171、179～215、248～285、375～428和447～503区域为高变异区：膜外区200～400具有变异度高、抗原性强的特性。113条Ot56cDNA序列的相似性为41.8％～100.0％，变异度为0.0～116．1；其中303～481、562～667、756～842、1136～1243和1386～1568等5个区域属高变异区，而0～54、97～171、265～303、439～482、1015～1047和1477～1542为6个保守片段。结论恙虫病东方体Ot56蛋白具有5个高变异区，第200～400位氨基酸附近可能是株（型）特异性表位所在区域，其重组蛋白具有潜在的株（型）鉴定价值。根据cDNA6个保守片段设计引物，进行Ot56核酸检测可能在不同株（型）恙虫病东方体检测中具有较高的敏感性。