| 紧密连接蛋白claudin-10基因5′调控区序列的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 周雯,王青松. 紧密连接蛋白claudin-10基因5′调控区序列的生物信息学分析[J]. 海南医学院学报, 2010, 16(11): 1392-1395 |
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| 作者姓名： | 周雯 王青松 |
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| 作者单位： | [1]海南医学院组织胚胎学教研室,海南海口571101 [2]海南医学院生物化学与分子生物学教研室,海南海口571101 |
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| 基金项目： | 海南省自然科学基金，海南医学院博士后科研启动基金 |
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| 摘 要： | 目的:拟对claudin-10基因转录起始位点和启动子区域进行预测,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction、PROMOTER SCAN和PROMOTER 2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1 700～2 143bp)或834bp区间(1 367～2 200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。
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| 关 键 词： | 紧密连接蛋白 claudin-10 5′调控区 生物信息学 |
Bioinformatics analysis on 5'-UTR sequence properties of tight junction protein claudin-10 |
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| ZHOU Wen,WANG Qing-song. Bioinformatics analysis on 5'-UTR sequence properties of tight junction protein claudin-10[J]. Journal of Hainan Medical College, 2010, 16(11): 1392-1395 |
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| Authors: | ZHOU Wen WANG Qing-song |
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| Affiliation: | 1. Department of Histology and Embryology, Hainan Medical University, Haikou 571101, China ; 2. partment of Biochemistry and Molecular Biology, Hainan Medical University , Haikou 571101 ,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Tight junction protein Claudin 10 5′UTR Bioinformatics |
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