| 铁棍山药SUS基因CDS区克隆与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 刘苏伟,文艺,张骆琪,高素霞,刘玉霞,王飞,鲁传涛,刘红彦.铁棍山药SUS基因CDS区克隆与生物信息学分析[J].中国实验方剂学杂志,2019,25(9):136-143. |
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| 作者姓名： | 刘苏伟 文艺 张骆琪 高素霞 刘玉霞 王飞 鲁传涛 刘红彦 |
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| 作者单位： | 河南中医药大学 药学院, 郑州 450046;河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002,河南中医药大学 药学院, 郑州 450046;河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002,河南中医药大学 药学院, 郑州 450046,河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002,河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002,河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002,河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002,河南中医药大学 药学院, 郑州 450046;河南省农业科学院 植物保护研究所, 郑州 450002 |
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| 基金项目： | 国家中药材产业技术体系郑州综合实验站（CARS-21-12）；河南省科技攻关计划项目（162102310054） |
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| 摘 要： | 目的:对铁棍山药蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS)基因的编码区域(coding sequence,CDS)进行克隆和蛋白质结构分析,为该基因的调控机制与山药多糖的合成机制提供理论依据。方法:提取铁棍山药总RNA并反转录为cDNA第一链,根据本实验室铁棍山药基因组数据经注释得到的SUS基因序列设计一对特异性引物,利用基因克隆技术获得SUS基因的编码区域并通过蛋白质预测分析软件分析蛋白质序列特征。结果:克隆得到一个长度2 448 bp的基因序列,具有一个完整的开放阅读框架(open reading frame,ORF),命名为DoSUS1。DoSUS1的分子式为C_(4209)H_(6534)N_(1115)O_(1205)S_(23),相对分子质量9 788.32,共815个氨基酸,理论等电点(PI)6.10,消光系数为110 505,脂溶性指数(AI)为94.15,不稳定指数为32.18,平均亲水指数(GRAVY)为-0.225,属于稳定可溶性酸性蛋白质。DoSUS1氨基酸序列存在多个磷酸化位点,不存在跨膜区与信号肽。蛋白质二级结构与三级结构结果显示DoSUS1属于全α类蛋白质。功能域预测结果显示DoSUS1有蔗糖合成与糖基转移两个功能域。同源性比对结果显示DoSUS1的氨基酸序列与所比对单子叶植物的氨基酸序列相似性均80%。系统进化树显示DoSUS1与单子叶植物的SUS进化关系较近。结论:首次从铁棍山药中克隆出SUS基因的编码序列,并对其蛋白质结构进行了分析,为进一步阐明SUS在山药生长发育和多糖合成机制中的作用奠定了基础。
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| 关 键 词： | 铁棍山药 蔗糖合成酶基因 基因克隆 编码区域 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2018/11/26 0:00:00 |
Cloning and Bioinformatics Analysis on CDS of SUS Gene in Dioscorea opposita |
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| LIU Su-wei,WEN Yi,ZHANG Luo-qi,GAO Su-xi,LIU Yu-xi,WANG Fei,LU Chuan-tao and LIU Hong-yan.Cloning and Bioinformatics Analysis on CDS of SUS Gene in Dioscorea opposita[J].China Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2019,25(9):136-143. |
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| Authors: | LIU Su-wei WEN Yi ZHANG Luo-qi GAO Su-xi LIU Yu-xi WANG Fei LU Chuan-tao and LIU Hong-yan |
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| Institution: | College of Pharmacy, Henan University of Chinese Medicine, Zhengzhou 450046, China;Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China,College of Pharmacy, Henan University of Chinese Medicine, Zhengzhou 450046, China;Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China,College of Pharmacy, Henan University of Chinese Medicine, Zhengzhou 450046, China,Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China,Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China,Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China,Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China and College of Pharmacy, Henan University of Chinese Medicine, Zhengzhou 450046, China;Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Science, Zhengzhou 450002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Dioscorea opposita SUS gene clone coding sequence bioinformatics |
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