大鼠MIP3基因的电子克隆和特性分析

210．seq是一个在大鼠心肌缺血预适应中表达上调的表达序列标签(expressed sequence tag，EST)，用GENSCAN预测、Blast(Basic local alignment search tool)比对、序列拼接、多序列比对等生物信息学方法克隆了该EST代表的大鼠MIP3基因的cDNA序列。大鼠MIP3基因的开放阅读框为1332bp，起始密码子前同一相位存在一个终止密码子，起始密码子邻近的序列符合Kozak规则；推测编码443个氨基酸，与小鼠和人的MIP3基因ortholog的同源性很高，但是与数据库中其它蛋白质的同源性不高。TMpred分析显示该多肽有一个跨膜区域，氨基端位于膜内。Motifscan分析仅发现一个脯氨酸富集区域。以上结果显示MIP3基因是一个功能未知的新基因。