基于GEO数据库筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因及生物信息学分析 |
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引用本文: | 苏萌,张钊银,姚金光.基于GEO数据库筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因及生物信息学分析[J].右江民族医学院学报,2023(4):557-562. |
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作者姓名: | 苏萌 张钊银 姚金光 |
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作者单位: | 右江民族医学院口腔医学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(81660495);;广西研究生教育创新计划项目(YCSW2022459); |
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摘 要: | 目的 通过生物信息学方法筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因。方法 从GEO数据库下载GSE111585和GSE115119数据集,利用limma包进行差异分析,与PRGs取交集后获取DEGs。利用R语言对DEGs进行GO功能富集及KEGG通路富集分析。String数据库构建PPI网络,在Cytoscape中进行可视化,基于Degree拓扑分析算法筛选Hub基因。根据Wilcox.test法分析Hub基因与顺铂耐药性的联系。结果 (1)共筛选出32个DEGs。(2)GO富集分析显示DEGs主要参与刺激反应调节、信号受体结合等功能;KEGG富集分析显示DEGs富集在癌症通路和人T细胞白血病病毒Ⅰ型感染信号通路。(3)筛选出FN1、SOX2和COL1A1 3个Hub基因,其中COL1A1具有成为潜在生物靶点的潜力。结论 COL1A1可能是舌鳞状细胞癌顺铂耐药的潜在作用靶点。
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关 键 词: | 舌肿瘤 生物信息学 顺铂 耐药性 靶点 |
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