| 基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选 |
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| 引用本文： | 俞盛健,麻怀露,陈王洋,丁晓飞,陈光,梁勇. 基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选[J]. 温州医科大学学报, 2020, 50(3): 199-205. DOI: 10.3969/j.issn.2095-9400.2020.03.007 |
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| 作者姓名： | 俞盛健 麻怀露 陈王洋 丁晓飞 陈光 梁勇 |
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| 作者单位： | 1.温州医科大学第一临床医学院，浙江温州325035；2.台州学院医学院，浙江台州318000；3.河北北方学院研究生院，河北张家口 075000 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年基金资助项目（81802657）。 |
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| 摘 要： | 目的：应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA（lncRNA）。方法：从开放的癌症基因图谱（TCGA）和基因型组织表达（GTEx）数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据，采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因，使用Cox分析构建风险模型，通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果：通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据，获得差异表达的lncRNA 424个（211个上调，213个下调），mRNA 3 827个（1 618个上调，2 209个下调）。构建了包含9个lncRNA的风险模型，参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染，神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论：筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA，为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。
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| 关 键 词： | 脑胶质瘤 TCGA数据库 GTEx数据库 长链非编码RNA mRNA Cox分析 |
Bioinformatics study on the screening of long-chain noncoding RNA for prognostic risk of glioma |
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| U Shengjian,MA Huailu,CHEN Wangyang,DING Xiaofei,CHEN Guang,LIANG Yong. Bioinformatics study on the screening of long-chain noncoding RNA for prognostic risk of glioma[J]. JOURNAL OF WENZHOU MEDICAL UNIVERSITY, 2020, 50(3): 199-205. DOI: 10.3969/j.issn.2095-9400.2020.03.007 |
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| Authors: | U Shengjian MA Huailu CHEN Wangyang DING Xiaofei CHEN Guang LIANG Yong |
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| Affiliation: | 1.The First Clinical Medical College, Wenzhou Medical University, Whenzhou 325035, China; 2.Medical College of Taizhou University, Taizhou 318000, China; 3.Graduate School of Hebei North University, Zhangjiakou 075000, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | glioma TCGA database GTEx database long non-coding RNA mRNA Cox analysis |
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