黄草乌及其混淆品ITS序列的分析鉴别

目的:比较黄草乌及其混淆品滇南草乌ITS序列的差别。方法:分别提取黄草乌及滇南草乌总DNA,进行PCR扩增、扩增产物直接测序,利用DNAStar、ClustalX1.81及MEGA4.0软件进行序列分析。结果:通过对黄草乌及其混淆品的ITS数据矩阵,得到ITS1产生229个一致位点、19个变异位点和13个信息位点;5.8S产生162个一致位点、2个变异位点和1个信息位点;ITS2产生217个一致位点、3个变异位点和1个信息位点。除了5.8S没有碱基的转换和颠换,ITS1存在2个碱基转换和1个颠换,ITS2只存在1个颠换。黄草乌2个居群和滇南草乌3个居群的ITS测序结果经数据矩阵分析后,发现二者ITS2区间第596个碱基处为鉴定二者的稳定的信息位点,黄草乌2个居群的所有样品在此位点的碱基为(C),而滇南草乌3个居群的所有样品在此位点的碱基为(A)。结论:黄草乌与其混淆品滇南草乌的核rDNA的ITS序列存在碱基的差异,有特定的变异位点,且位点变异表现出ITS1大于ITS2,因此,能在分子水平上将二者分开。