| 建立基于公开软件的校园生物信息学平台 |
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| 引用本文： | 郭华章,殷缨,王文亮,蔡宏伟,王哲,闫庆国,樊荣,高东怀,杨安钢,李青,金伯泉.建立基于公开软件的校园生物信息学平台[J].第四军医大学学报,2004,25(8):765-768. |
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| 作者姓名： | 郭华章 殷缨 王文亮 蔡宏伟 王哲 闫庆国 樊荣 高东怀 杨安钢 李青 金伯泉 |
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| 作者单位： | 第四军医大学,西京医院病理科,陕西,西安,710033;第四军医大学,西京医院检验科,陕西,西安,710033;第四军医大学,网络中心,陕西,西安,710033;第四军医大学,基础部免疫学教研室,陕西,西安,710033 |
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| 摘 要： | 目的:探讨建立适合我国国情的校园生物信息学平台的策略和方法.方法:以 Emboss分子序列分析组件、R数理统计分析组件、Bioconductor基因芯片分析组件、 Phylip分子进化研究工具、PostgreSQL关系数据库管理系统和Bioperl脚本语言为基本组件,在Linux操作系统上,将其编译、连接成为一个有机的校园生物信息学平台.结果:初步建成的校园生物信息学平台,可作为基于校园网的完整的核酸及蛋白质序列分析工具、基因芯片数据分析工具、对基因组数据进行多角度挖掘的工具、提供良好的新算法、新模型开发环境.开放的框架使平台具有良好的可扩展性及向后的兼容性.新开发的生物信息学工具可迅速整合进该平台.结论:用公开软件建立的校园生物信息学平台具有成本低和性能完善、优异的特点,对后基因组研究将起重要的支撑作用.
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| 关 键 词： | 计算生物学 免费软件 序列分析 基因芯片 |
| 文章编号： | 1000-2790(2004)08-0765-04 |
| 修稿时间： | 2003年8月25日 |
Establishment of campus wide bioinformatics platform using freeware |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | computational biology freeware sequence analysis microarray |
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