低级别胶质瘤差异基因筛选及功能预测

目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱(TCGA)数据库联合GTEx数据库分析低级别胶质瘤组织及正常脑组织的差异表达基因，并探讨其相关分子机制。方法 从TCGA数据库及GTEx数据库下载所有低级别胶质瘤中mRNA转录组数据。共包含样本569例，其中低级别胶质瘤组织为529例，正常脑组织为40例。在R语言环境下，应用edge R工具包处理数据，得到差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达的前1000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析。对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析，基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图。比较关键基因在低级别胶质瘤组织及正常脑组织中的表达水平。以关键基因的中位表达水平为界值，将关键基因分为高表达组与低表达组，比较高表达组与低表达组的生存情况。结果 共筛选出9045个差异表达基因，其中，上调基因5566个，下调基因3479个。GO分析结果显示，其生物过程有DNA结合转录激活活性，RNA聚合酶Ⅱ特异性，肌动蛋白结合，有机酸结合，肽结合等功能富集。KEGG富集分析结果表明，差异表达基因的信号通路主要化学致癌物-活性氧自由基，粘附蛋白激酶，肺癌蛋白多糖，催...