| HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计 |
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| 引用本文： | 赵海全,马文丽,莫小阳,张亚莉,郑文岭. HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计[J]. 山东医药, 2005, 45(35): 21-22 |
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| 作者姓名： | 赵海全 马文丽 莫小阳 张亚莉 郑文岭 |
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| 作者单位： | 南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515;南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515;南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515;南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515;南方医科大学基因工程研究所,广东,广州,510515 |
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| 基金项目： | 广州市重大科技攻关项目（2001-Z-005-01） |
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| 摘 要： | 目的设计单纯疱疹病毒2型（HSV-2）诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对，得到有意义的特异序列；用生物学软件Olig06．0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得13条60-mer Oligo探针。结论利用BLAST系统和生物学软件Olig06.0设计HSV-2诊断芯片的探针，可为后期打印成DNA芯片，用于HSV-2的检测打下基础。
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| 关 键 词： | 单纯疱疹病毒2型 生物芯片 Oligo探针 BLAST软件 |
| 文章编号： | 1002-266X（2005）35-0021-02 |
| 收稿时间： | 2005-09-17 |
| 修稿时间： | 2005-09-17 |
Bioinformatic analysis of HSV-2 and design of oligonucleotide probes |
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| ZHAO Hai-quan, MA Wen-li, MO Xiao-yang. Bioinformatic analysis of HSV-2 and design of oligonucleotide probes[J]. Shandong Medical Journal, 2005, 45(35): 21-22 |
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| Authors: | ZHAO Hai-quan MA Wen-li MO Xiao-yang |
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| Abstract: | Objective: To design oligonucleotide probes for microarray detection of HSV-2 virus.Methods: By analyzing the DNA of HSV-2 with BLAST program,a group of specific sequences for the candidate probes was acquired.Oligo6.0 software was applied to analyze the candidates to select the probes with high specificity,identical length and similar melting temperature(Tm).Results: 13 oligonucleotide probes were designed.Conclusion: Oligonucleotide probes can be designed with BLAST program and Oligo6.0 software,andbecome a foundation for depositing on DNA chips as the microarray for HSV-2 detection. |
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| Keywords: | HSV-2 biochip oligonucleotide probe basic local alignment search tool |
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