Nanopore高通量测序检测呼和浩特市4例SARS-CoV-2感染者病毒基因组题录

目的对呼和浩特市6例确诊为SARS-CoV-2感染患者进行全基因组测序, 了解病毒特征, 追溯病毒来源。方法采用Nanopore三代高通量测序技术对6份咽拭子样本进行病毒基因组测序, 基于ARTIC病毒基因组组装流程, 使用生物信息学软件将病毒序列与参考序列进行比对, 分析进化情况。结果获得4份样本的全基因组序列, 均属于SARS-CoV-2变异株Delta (B.1.617.2-like), Pangolin分型为AY.122。测序时长1.5 h/样本, 测序长度27 009～29 560 bp, 覆盖度90.32%～98.85%。共鉴定出50个碱基位点突变、46处氨基酸变异, 错义突变占比74%(37/50), 错义突变中以ORF1ab基因占比最高45.95%(17/37)。结论 Nanopore单分子测序技术在病毒全基因组测序中具有读长长、测序时间短的特点。与武汉参考株比对发现, 该病毒的核苷酸位点变异存在多态性, 要密切关注病毒变异情况, 切实做好防控措施。