全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析题录

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6, CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选, 获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值, 并用Datamonkey在线分析平台通过MEME, SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点, 分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测, D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用, 需要加以重视, 并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。