基于SMART-seq2测序分析结直肠癌外周血DNT细胞转录组的表达差异及功能初探北大核心CSCD

目的 探讨结直肠癌患者外周血中双阴性T细胞差异基因及功能。方法 选取2例结直肠癌患者和2例健康体检者，首先采用流式细胞术分选外周血双阴性T细胞，然后利用单细胞全长转录组（SMART-seq2）测序技术获得测序数据，筛选差异表达基因，并对筛选出的差异表达基因进行基因本体富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质互作网络，并通过Cytoscape软件鉴定关键基因。采用RT-qPCR验证差异表达基因。结果 与健康体检者相比，结直肠癌患者外周血双阴性T细胞差异基因共有1 276个，其中141个上调基因，1 135个下调基因。GO分析显示差异基因主要参与甲基化、代谢过程以及转移酶活性等生物学功能。KEGG通路分析显示差异基因主要涉及自噬、P53信号通路和磷酸肌醇代谢等信号通路。蛋白质互作网络包含1 154个节点和1 022条边，并鉴定出10个Hub基因：PIK3C3、WIPI1、ATG101、PIK3R4、DDX10、RBM28、SDAD1、ATG16L1、UVRAG、ATG7。RT-qPCR验证10个差异表达基因，其中7个差异基因表达变化趋势与测序结果一致，3个基因表达与测序结果不符。结论 DNT细胞可能通过甲基化、P53信号通路和自噬等作用参与了结直肠癌的发生发展，同时，DNT细胞可能通过对基因的调控抑制结直肠癌的发生发展。本研究为进一步探讨DNT细胞在恶性肿瘤中的功能提供理论依据。