雪峰虫草子座不同生长发育时期的转录组研究

目的：挖掘调控雪峰虫草生长发育的相关通路和基因，揭示其子座生长发育的内在分子机制。方法：采用转录组测序技术（RNA-Seq）对雪峰虫草子座菌丝体（MD1）、子座原基（PD2）和子座（SD3）生长发育3个不同阶段进行测序；数据通过非冗余蛋白（NR）、Swiss-Prot、Pfam、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、真核生物相邻类的聚簇（KOG）、基因本体（GO）数据库进行功能注释。利用EdgeR软件进行差异表达基因分析，挖掘调控雪峰虫草子座生长发育的相关通路和基因。结果：测序结果显示，MD1、PD2、SD3分别获得了8.15、7.51、6.87 GB分析数据，拼接分析数据共获得34 218个转录本，平均长度为5502 bp，组装及去冗余后获得10 511条unigenes，平均长度为2470 bp。KOG功能注释和GO富集分析显示，细胞和细胞组分、新陈代谢过程、信号转导及碳代谢是雪峰虫草子座发育过程中的关键基因类别。对子座不同生长发育时期的基因进行差异表达分析发现，PD2和SD3相比差异表达基因最多，其中上调基因1073个，下调基因1036个，MD1和SD3相比差异表达基因最少，上调...