| 茯苓转录组SSR序列特征及其基因功能分析 |
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| 引用本文： | 何海,郭继云,马毅平,周梦春,王沫,舒少华.茯苓转录组SSR序列特征及其基因功能分析[J].中草药,2015,46(23):3558-3563. |
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| 作者姓名： | 何海 郭继云 马毅平 周梦春 王沫 舒少华 |
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| 作者单位： | 华中农业大学植物科学技术学院, 湖北 武汉 430070;华中农业大学植物科学技术学院, 湖北 武汉 430070;湖北省果品办公室, 湖北 武汉 430070;华中农业大学植物科学技术学院, 湖北 武汉 430070;华中农业大学植物科学技术学院, 湖北 武汉 430070;华中农业大学植物科学技术学院, 湖北 武汉 430070 |
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| 基金项目： | 国家“十二五”科技支撑计划项目(2011BAI06B03) |
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| 摘 要： | 目的分析茯苓转录组中简单重复序列(SSR)信息,以及含SSR的基因功能,为开发茯苓新型分子标记奠定基础。方法利用MISA软件搜索转录组Unigene及基因组scaffold中SSR,对含SSR的Unigene使用Blast X比对nr及KEGG数据库,注释其功能,并聚类分析。结果在转录组序列中发现4.57%的Unigene序列含有2 075个SSR,平均17 010条Unigene出现1个SSR,SSR的平均长度19.59 bp;而基因组中SSR的平均密度54.00个/Mb,平均长度20.74 bp。在转录组中发现的241种碱基重复模式中,以(CG/CG)n比例最高(10.97%);以六核苷酸类重复数量最多(35.64%),以(ACCACG/CGTGGT)14最长(84 bp)。在1 887条含SSR的Unigene中,115条能被基因本体(GO)分类注释到细胞代谢进程、核酸结合等;1 223条Unigene能被注释到219个KEGG通路图中,其中314条注释到新陈代谢,297条注释到遗传信息处理。结论茯苓转录组SSR的类型丰富、多态性潜能较高,关联功能相关基因的SSR开发对茯苓目的性状的分子标记辅助育种具有巨大潜力。
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| 关 键 词： | 茯苓 SSR 转录组 生物信息 功能关联 |
| 收稿时间： | 2015/6/19 0:00:00 |
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