| 一株埃可病毒16型510/YN/CHN/2010的全基因组分析北大核心CSCD |
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| 引用本文： | 郭伟,许丹菡,冯昌增,张名,鲁明,朱海莲,保国红,马绍辉.一株埃可病毒16型510/YN/CHN/2010的全基因组分析北大核心CSCD[J].中国病原生物学杂志,2021(11):1239-1243. |
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| 作者姓名： | 郭伟 许丹菡 冯昌增 张名 鲁明 朱海莲 保国红 马绍辉 |
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| 作者单位： | 1.中国医学科学院650118;2.云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;;3.云南省第一人医院; |
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| 基金项目： | 重大科技专项计划(No.202002AA100009) |
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| 摘 要： | 目的分析一株埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)云南分离株510/YN/CHN/2010全基因组序列及其遗传特性。方法设计针对E16的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒目的基因并测序,利用BioEdit 7.2.3、MEGA 7.0和Simplot 3.5.1软件分析其全基因组。结果E16510/YN/CHN/2010全基因组核苷酸序列全长7432 nt,是编码含2196个氨基酸的多聚蛋白。其全VP1和全基因组与原型株Harrington的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.68%、49.33%和81.26%、97.26%。与其他埃可病毒原型株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为75.72%~88.44%和83.01%~87.65%。系统进化分析将E16分为3个基因型,分离株510/YN/CHN/2010和其他中国分离株均属于B基因型。重组分析显示,510/YN/CHN/2010株可能在非结构编码区的P2段重组。结论510/YN/CHN/2010分离株为E16 B基因型,可能为重组株。
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| 关 键 词： | 埃可病毒16型 全基因组测序 重组分析 进化分析 |
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