昆明市静脉吸毒感染者HIV-1env基因C2-V4区序列特征分析

目的 分析昆明市静脉吸毒（intravenous drug user，IDU）感染者艾滋病病毒1型（human immunodeficiency virus type 1，HIV-1） env基因C2-V4区序列特征及代表性广谱单克隆中和抗体（broadly monoclonal neutralizing antibodies，bmNAbs）的表位变异。方法 在昆明市收集165份IDUHIV-1感染者血浆样品，提取RNA，通过逆转录得到cDNA，巢式聚合酶链反应（nested-polymerase chain reaction，nested-PCR）扩增HIV-1膜蛋白基因C2-V4区，应用BioEdit和MEGA等生物信息软件分析所获得序列的特征，并分析2G12、PGT135、PGT128、b12和VRC01等bmNAbs的表位变异。结果 165条序列主要为CRF08_BC （74.55%）和CRF07_BC （23.03%）重组毒株，各可变环变异程度由小到大为V3区 < C3区 < V4区，并且CRF08_BC样本的C2-C4、V3区、C3区和V4区基因离散率分别大于CRF_07BC的相应区域；V3环顶端四肽存在5种类型：GPGQ （95.76%）、GPGR （1.82%）、GPRQ （1.21%）、GPGL （0.61%）和RPGQ （0.61%）；辅助受体主要为CCR5（97.58%）。90%以上的CRF08_BC和CRF07_BC重组毒株存在与2G12识别相关的糖基化位点的缺失；而b12、VRC01、PGT135和PGT128等抗体识别的位点在CRF08_BC和CRF07_BC重组毒株中的变异率低。结论 CRF08_BC和CRF07_BC为昆明市IDU感染者的主要流行毒株；CRF08_BC基因离散率高于CRF07_BC毒株；V3区序列变异程度小于C3区及V4区；2G12、PGT135、PGT128、b12和VRC01等代表性bmNAbs表位在CRF08_BC和CRF07_BC毒株存在不同程度的变异。

Sequence analysis of C2-V4 region of HIV-1env genes in intravenous drug users in Kunming City