生物信息学分析胰腺癌组织关键基因表达及其意义 |
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引用本文: | 王乾合,赵立然,朱克祥.生物信息学分析胰腺癌组织关键基因表达及其意义[J].医学研究杂志,2021,50(5):33-38. |
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作者姓名: | 王乾合 赵立然 朱克祥 |
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作者单位: | 兰州大学第一临床医学院、兰州大学第一医院 730000 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(81960516) |
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摘 要: | 目的 利用生物信息学方法对GEO数据库进行探索,获取胰腺癌发生、发展的核心基因,分析胰腺癌发生、发展的潜在机制。方法 使用GEOquery包从GEO数据库获取胰腺癌相关芯片数据(GSE62452),利用Limma包进行差异分析,结合clustreProfiler包对上调基因和下调基因分别进行GO功能和KEGG通路分析,利用String在线网站对差异基因进行蛋白互作网络分析,利用Cystoscopes软件筛选出核心基因,最后借助TCGA数据库和芯片数据(GSE28735)对核心基因进行再次验证。结果利用生物信息学方法共获得286个差异基因,其中包含上调基因189个,下调基因97个。富集分析结果显示上调基因涉及细胞组织黏附、细胞外基质组织构成等功能以及蛋白消化与吸收、PI3K-Akt等信号通路相关。下调基因与脂类消化、细胞壁破裂等功能和胰腺分泌等信号通路密切相关。通过蛋白互作网络筛选出20个关键基因,利用GEPIA数据库对关键基因进行生存分析验证,发现3个基因(MMP11、LAMB3、PLAU)与胰腺癌预后明显相关。结论 通过生物信息学方法最终筛选出3个核心基因,为胰腺癌的诊断和预后提供了新的思路。
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关 键 词: | 胰腺癌 靶向治疗 GEO |
收稿时间: | 2020/12/4 0:00:00 |
修稿时间: | 2020/12/9 0:00:00 |
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