基于下一代测序的污水中人星状病毒分子流行病学研究

目的 了解生活污水中人星状病毒（HAstV）的型别分布及遗传多样性。方法 2018年1月—2019年6月在山东省济宁市按季度采集6份生活污水样本，通过阴离子膜吸附洗脱法进行浓缩后，提取核酸，进行ORF2完整编码区的RT-PCR扩增及扩增产物下一代测序，对产生的干净数据使用CLC Genomics Workbench 12.0软件de novo组装后，进行基因定型、同源性比较和系统发生学分析。结果 检测地区生活污水中HAstV的检出率为100%，共获得HAstV序列43条，分属9种基因型，分别为HAstV-1、HAstV-2、HAstV-3、HAstV-4、HAstV-5等经典型和MLB1、VA1、VA2、VA3等新型HAstV，其中HAstV-5(47.53%)占比最高；基于ORF2完整编码区的系统发生学显示山东株与国内外其他参考株在一些分支上聚集在一起，表明不同型别在世界不同地区的传播。结论 本研究证实了基于NGS的环境监测有助于提高对HAstV遗传多样性的认识。