人类白细胞抗原HLA-DPA1和HLA-DPB1基因高通量测序分型的研究

目的 建立可靠的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因HLA-DPA1和HLA-DPB1同步测序分型方法,研究南方汉族人群HLA-DPA1和HLA-DPB1基因的多态性.方法 根据HLA-DPA1和HLA-DPBI等位基因的全长序列,分别采用位点特异性引物扩增HLA-DPA1和HLA-DPBI目的基因片段,涵盖完整的第2外显子.PCR产物经磁珠纯化,用自行设计的测序引物及优化的测序反应体系对HLA-DPA1和HLA-DPB1第2外显子进行双向测序.纯化的测序反应产物经ABI 3730测序仪测序,用Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-DPA1和HLA-DPB1基因目的片段,对HLA-DPA1和HLA-DPB1基因的第2外显子进行的双向测序结果中,序列无背景信号和杂峰.在176名南方汉族健康无关个体中,共检出了4种HLA-DPA1等位基因,其频率分布依次为:DPAI* 02:02(0.589)＞DPAl* 01:03(0.284)＞ DPAI* 02:01(0.096)＞ DPAl* 04:01(0.031).HLA-DPB1检出了14种等位基因,其中频率大于5％的4种等位基因为:DPBl* 05:01、DPBl* 02:01、DPBl* 04:01和DPBl* 02:02,频率介于1％～5％的7种,其余3种等位基因的频率均为1％以下.HLA-DPB1测序分型的结果与用AtriaAlleleSEQR商品化测序分型试剂盒检测的结果一致.结论 建立了HLA-DPA1及HLA-DPB1测序分型的方法,在群体遗传学及疾病关联研究等领域具有广泛的实用价值.

Development of a high-throughput sequence-based typing assay for human leukocyte antigen loci HLA-DPA1 and HLA-DPB1