| 马鞭草全长转录组测序分析 |
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| 引用本文： | 黄丽容,欧夏莲,李翠,胡营,韦筱媚,郭晓云,雷明,缪剑华. 马鞭草全长转录组测序分析[J]. 中国现代中药, 2023, 25(7): 1486-1495 |
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| 作者姓名： | 黄丽容 欧夏莲 李翠 胡营 韦筱媚 郭晓云 雷明 缪剑华 |
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| 作者单位： | 广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源 智慧创制工程研究中心，广西 南宁 530023 |
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| 基金项目： | 广西创新驱动发展专项（桂科AA18242040）；广西自然科学基金面上项目（2020GXNSFAA159151）；对发展中国家科技援助项目（KY201904001）；科技基础资源调查专项（2018FY100700） |
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| 摘 要： | 目的:利用高通量测序技术获得马鞭草Verbena officinalis L.的全长转录组基因信息。方法:通过PacBio Sequel高通量测序平台,对马鞭草根、茎、叶3个部位的混合样品进行全长转录组测序,并基于序列同源性对转录本进行功能注释,得到马鞭草全长转录组的遗传信息。结果:测序数据经过质控后获得197542个高质量的转录本及169063条环形一致性序列(CCS),检测出4955个转录因子。其中161062个(81.53%)转录本在非冗余蛋白(NR)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)数据库、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)数据库、蛋白家族(Pfam)数据库和SwissProt蛋白序列数据库中均得到注释。MISA分析发现54063个简单重复序列(SSR)位点,还预测到70050个长链非编码RNAs(lncRNAs)和45499个信使核糖核酸(mRNAs),并在马鞭草全长转录组中共鉴定到了60个转录本可能参与单萜类化合物的生物合成。结论:利用高通量测序技术和生物信息学分析获得了马鞭草的全长转录组信息特征,可为后期开展马鞭草功能基因鉴定、解析萜类化合物次生代谢途径及其调控机制提供参考。
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| 关 键 词： | 马鞭草 全长转录组 测序分析 |
| 收稿时间： | 2023-03-01 |
Full-length Transcriptome Sequencing Analysis of Verbena officinalis L. |
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| HUANG Li-rong,OU Xia-lian,LI Cui,HU Ying,WEI Xiao-mei,GUO Xiao-yun,LEI Ming,MIAO Jian-hua. Full-length Transcriptome Sequencing Analysis of Verbena officinalis L.[J]. Modern Chinese Medicine, 2023, 25(7): 1486-1495 |
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| Authors: | HUANG Li-rong OU Xia-lian LI Cui HU Ying WEI Xiao-mei GUO Xiao-yun LEI Ming MIAO Jian-hua |
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| Affiliation: | Guangxi Key Laboratory of Medicinal Resources Protection and Genetic Improvement/Guangxi Engineering Research Center of TCM Resource Intelligent Creation, Guangxi Botanical Garden of Medicinal Plants, Nanning 530023, China |
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| Abstract: | |
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