| 九里香全长转录组测序分析 |
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| 引用本文： | 梁细妹,梁莹,韦坤华,秦双双,胡营,韦桂丽,韦筱媚,韦范,缪剑华. 九里香全长转录组测序分析[J]. 中国现代中药, 2023, 25(7): 1505-1514 |
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| 作者姓名： | 梁细妹 梁莹 韦坤华 秦双双 胡营 韦桂丽 韦筱媚 韦范 缪剑华 |
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| 作者单位： | 1.广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/ 广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心，广西 南宁 530023;2.广西中医药大学，广西 南宁 530299 |
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| 基金项目： | 广西创新驱动发展专项（桂科AA18242040）；广西自然科学基金项目（2020GXNSFBA159018，2020GXNSFAA297069）；国家中医药管理局中医药创新团队及人才支持计划项目（ZYYCXTD-D-202005）；广西农业科技创新联盟项目（桂农科盟202211）；科技基础资源调查专项（2018FY100700）；对发展中国家科技援助项目（KY201904001）；广西科技计划项目（桂科AD22080012） |
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| 摘 要： | 目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结果:共获得94435个转录本,平均长度为76476.23 bp,80583条环形一致性序列,通过聚类、校正和去冗余后最终得到108443个高质量的isoforms,其中在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt共注释了100219个isoforms,同时检测出34182个简单序列重复(SSR)位点,其中18482个单核苷酸数量占主导位置;检测了2574个转录因子,29592个长链非编码RNAs(lncRNAs)和30322个mRNAs。结论:获得了较为可靠的九里香全长转录组数据,为深入研究九里香的生长发育、相关代谢途径、功能基因利用、基原物种鉴定等提供数据参考。
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| 关 键 词： | 九里香 单分子实时测序技术 简单序列重复标记 功能注释 |
| 收稿时间： | 2022-11-09 |
Sequencing Analysis of Full-Length Transcriptome of Murraya exotica L. Mant. |
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| LIANG Xi-mei,LIANG Ying,WEI Kun-hu,QIN Shuang-shuang,HU Ying,WEI Gui-li,WEI Xiao-mei,WEI Fan,MIAO Jian-hua. Sequencing Analysis of Full-Length Transcriptome of Murraya exotica L. Mant.[J]. Modern Chinese Medicine, 2023, 25(7): 1505-1514 |
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| Authors: | LIANG Xi-mei LIANG Ying WEI Kun-hu QIN Shuang-shuang HU Ying WEI Gui-li WEI Xiao-mei WEI Fan MIAO Jian-hua |
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| Affiliation: | 1.Guangxi Key Laboratory of Medicinal Resources Protection and Genetic Improvement/Guangxi Engineering Research Center of TCM Resource Intelligent Creation, Guangxi Botanical Garden of Medicinal Plants, Nanning 530023, China;2.Guangxi University of Traditional Chinese Medicine, Nanning 530299, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Murraya exotica L.Mant. SMRT sequencing SSR markers function annotation |
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