| 天冬全长转录组测序分析 |
| |
| 引用本文： | 陈芷宁,韦范,韦坤华,梁莹,胡营,韦筱媚,林杨,汤丹峰,缪剑华.天冬全长转录组测序分析[J].中国现代中药,2023,25(7):1496-1504. |
| |
| 作者姓名： | 陈芷宁 韦范 韦坤华 梁莹 胡营 韦筱媚 林杨 汤丹峰 缪剑华 |
| |
| 作者单位： | 1.广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/ 广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心，广西 南宁 530023;2.中国药科大学 中药学院，江苏 南京 211198 |
| |
| 基金项目： | 广西创新驱动发展专项（桂科AA18242040）；广西科技计划项目（桂科AD22080012）；对发展中国家科技援助项目（KY201904001） |
| |
| 摘 要： | 目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考。方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析。结果:从天冬转录组中共获得169319条isoforms,最终有147762条isoforms在公共数据库中注释成功。非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334380条,可分为25个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为74095条。在注释到的54个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共309条。在所有isoform中共检测到48042个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布。结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。
|
| 关 键 词： | 天冬 全长转录组 代谢途径 转录因子 |
| 收稿时间： | 2023/3/13 0:00:00 |
| 本文献已被 维普 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《中国现代中药》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国现代中药》下载免费的PDF全文 |
|
