| 越南槐全长转录组测序及分析 |
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| 引用本文： | 梁莹,韦桂丽,胡营,秦双双,韦筱媚,韦坤华,林杨,唐美琼,韦范,缪剑华.越南槐全长转录组测序及分析[J].中国现代中药,2023,25(7):1396-1406. |
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| 作者姓名： | 梁莹 韦桂丽 胡营 秦双双 韦筱媚 韦坤华 林杨 唐美琼 韦范 缪剑华 |
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| 作者单位： | 广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/ 广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心 |
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| 基金项目： | 广西创新驱动发展专项（桂科AA18242040）；广西自然科学基金项目（2020GXNSFBA159018，2020GXNSFAA297069）；国家自然科学基金项目（82060689）；科技基础资源调查专项（2018FY100700）；对发展中国家科技援助项目（KY201904001）；广西科技计划项目（桂科AD22080012） |
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| 摘 要： | 目的:获得越南槐Sophora tonkinensis Gagnep.全长转录组数据,为深入挖掘越南槐功能基因提供参考。方法:采用PacBio Sequel高通量测序系统,对越南槐根、茎、叶、果4个部位的混合样品进行全长转录组测序及分析。结果:共获得214159条环形一致性序列(CCS),获得208156个高质量isoforms,并在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt数据库中共注释了170150个isoforms,检测出4055个转录因子和38445个简单重复序列,预测到80041个长链非编码RNAs(lncRNAs)和39817个mRNAs。结论:获得了较为可靠的越南槐全长转录组数据,可为深入研究越南槐生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。
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| 关 键 词： | 越南槐 全长转录组 测序分析 功能注释 |
| 收稿时间： | 2022/11/9 0:00:00 |
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