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| 应用下一代半导体靶向测序技术检测Marfan综合征致病突变 | |
| 引用本文： | 卢超霞,吴炜,肖继芳,孟岩,张抒扬,张学. 应用下一代半导体靶向测序技术检测Marfan综合征致病突变[J]. 中华医学遗传学杂志, 2013, 30(3): 301-304 |
| 作者姓名： | 卢超霞 吴炜 肖继芳 孟岩 张抒扬 张学 |
| 作者单位： | 1. 中国医学科学院基础医学研究所McKusick-Zhang医学遗传学中心,北京,100005 2. 中国医学科学院北京协和医院心内科及临床遗传学实验室,北京,100005 3. 100005北京,中国医学科学院基础医学研究所McKusick-Zhang医学遗传学中心;100005北京,中国医学科学院北京协和医院心内科及临床遗传学实验室 |
| 基金项目： | the,National,Key,Technology,R&-D,Program,(2012BAI09B00)国家科技支撑计划(项目编号：2012BAI09B00) |
| 摘 要： | 目的 应用Ion Torrent PGM半导体测序仪和Ion AmpliSeqTMInherited Disease Panel对3例马凡综合征(Marfan syndrome,MFS)进行致病基因突变检测,明确其致病突变,并评价下一代半导体靶向测序诊断复杂单基因遗传病的效果.方法 在知情同意的基础上采集3例MFS患者及1名正常志愿者外周血,提取基因组DNA,经多重PCR扩增富集目的基因片段.每个样本用特异性序列标签进行标记后,应用Ion One Touch系统进行模板制备、乳化PCR及磁珠颗粒富集；最后用318半导体测序芯片进行高通量测序.用Ion Torrent Suite 3.2软件进行序列比对及SNPs和Indels提取,再用dbSNP 137数据库过滤得到SNPs和indels,剩余的可疑突变经Sanger法测序验证.结果 用一张318芯片得到855.80Mb的总数据量,4个样本的平均测序深度均达到100×以上,对目的区域的覆盖度在98％以上.数据经软件分析及数据库过滤后,在3例MFS患者中分别得到3个FBN1基因可疑突变,并经Sanger法测序验证,一个为已报道FBN1基因错义突变(p.E1811K),另外两个为新发现的突变,包括一个无义突变(p.E2264X),1个插入突变(p.L871FfsX23).结论 在3例MFS患者中都成功检出FBN1基因致病突变,表明半导体靶向测序可对复杂单基因遗传病进行高效、准确的基因诊断. |
| 关 键 词： | 下一代测序 Ion Torrent半导体测序仪 马凡综合征 FBN1基因 |
Detection of pathogenic mutations in Marfan syndrome by targeted next-generation semiconductor sequencing |
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| LU Chao-xia , WU Wei , XIAO Ji-fang , MENG Yan , ZHANG Shu-yang , ZHANG Xue. Detection of pathogenic mutations in Marfan syndrome by targeted next-generation semiconductor sequencing[J]. Chinese journal of medical genetics, 2013, 30(3): 301-304 | |
| Authors: | LU Chao-xia WU Wei XIAO Ji-fang MENG Yan ZHANG Shu-yang ZHANG Xue |
| Abstract: | |
| Keywords: | Next-generation sequencing Ion Torrent Personal Genome Machine Marfan syndrome FBN1 gene |
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