| 丹参柯巴基焦磷酸合酶的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 李卿,邸鹏,陆文铨,张磊,陈万生. 丹参柯巴基焦磷酸合酶的生物信息学分析[J]. 中草药, 2015, 46(6): 887-894 |
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| 作者姓名： | 李卿 邸鹏 陆文铨 张磊 陈万生 |
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| 作者单位： | 中国人民解放军第二军医大学附属长征医院 药学部, 上海 200003;中国人民解放军第二军医大学附属长征医院 药学部, 上海 200003;中国人民解放军第二军医大学附属长征医院 药学部, 上海 200003;中国人民解放军第二军医大学药学院 药用植物学教研室, 上海 200433;中国人民解放军第二军医大学附属长征医院 药学部, 上海 200003 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(81325024,81303160) |
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| 摘 要： | 目的分析丹参柯巴基焦磷酸合酶(CPS)的氨基酸序列特征,并与其他植物进行比较,为丹参CPS蛋白的后续研究提供有利参考。方法利用生物信息学方法,以丹参为主,对13科16种植物的18条CPS蛋白序列进行了序列组成、生化特性、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级、三级结构及功能域等预测分析,并进行了丹参CPS蛋白序列与其他植物的同源比对以及系统进化树构建。结果 CPS蛋白氨基酸残基数集中在730以上;相对分子质量91 610左右;平均理论等电点5.87,提示CPS为酸性蛋白。序列结构预测结果显示,CPS蛋白具有明显的疏水区和亲水区,不存在信号肽,不具有跨膜结构域,可能有叶绿体转运肽。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。蛋白同源性比对结果显示,丹参CPS与同科植物迷迭香和玄参科植物野甘草的同源性最高。结论对丹参等植物的CPS蛋白进行了详细的生物信息学分析,可为今后深入研究该酶的结构特征和功能提供参考。
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| 关 键 词： | 丹参 柯巴基焦磷酸合酶(CPS) 生物信息学 一级结构 二级结构 三级结构 |
| 收稿时间： | 2014-10-18 |
Bioinformatics analysis of copalyl diphosphate synthase in Salviae Miltiorrhizae Radix et Rhizoma |
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| LI Qing,DI Peng,LU Wen-quan,ZHANG Lei and CHEN Wan-sheng. Bioinformatics analysis of copalyl diphosphate synthase in Salviae Miltiorrhizae Radix et Rhizoma[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2015, 46(6): 887-894 |
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| Authors: | LI Qing DI Peng LU Wen-quan ZHANG Lei CHEN Wan-sheng |
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| Affiliation: | Department of Pharmacy, Shanghai Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Shanghai 200003, China;Department of Pharmacy, Shanghai Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Shanghai 200003, China;Department of Pharmacy, Shanghai Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Shanghai 200003, China;Department of Pharmaceutical Botany, School of Pharmacy, Second Military Medical University, Shanghai 200433, China;Department of Pharmacy, Shanghai Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Shanghai 200003, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Salviae Miltiorrhizae Radix et Rhizoma copalyl diphosphate synthase bioinformatics primary structure secondary structure tertiary structure |
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