| CRF01＿AE/CRF07＿BC重组毒株近似全长基因组序列和系统进化分析 |
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| 作者姓名： | 刘志 朱博 赵锦 李思其 张冬 施玉婷 韩芹芹 李林 |
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| 作者单位： | 1. 昆明理工大学生命科学与技术学院;2. 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物与生物安全国家重点实验室;3. 深圳市疾病预防控制中心 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(31900157,31800149,82173583);;国家科技重大专项基金资助项目(2018ZX10721-102-006);;病原微生物生物安全国家重点实验室基金资助项目(SKLPBS1820); |
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| 摘 要： | 目的 鉴定我国深圳地区人类免疫缺陷病毒-Ⅰ型(HIV-1)新型二代毒株(CRF01＿AE/CRF07＿BC),了解重组毒株的流行特征及新型重组模式。方法 对深圳市2011-2016年新确诊的未接受抗逆转录病毒治疗的HIV-1感染者血浆样本进行近似全长基因组扩增和测序,选取第一代重组毒株作为母本的第二代独特重组毒株作为研究对象;获得的近似全长基因组序列使用Quality Control工具进行质量检测和基因型初步分析,基于近似全长序列使用最大似然法构建系统进化树;随后使用jpHMM和RIP工具进行重组断点分析,并构建Neighbor-Joining系统进化树验证重组断点,并对来自不同母本的重组片段进行同源性分析。结果 从我国深圳地区HIV-1感染者中发现了两种新型二代独特重组毒株(CRF01＿AE/CRF07＿BC):LS13810和LS4017并获得其近似全长基因组序列;其中LS13810近似全长基因组以CRF01＿AE为骨架,分别在病毒的pol和tat区插入两个来自于CRF07＿BC的片段;而LS4017近似全长基因组的5′半分子来源于CRF07＿BC,而3′半分子主要来源于CRF0...
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| 关 键 词： | 人类免疫缺陷病毒 近似全长基因组 独特重组毒株 亚型 系统进化分析 |
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