| 基于GEO数据库胃癌差异表达环状RNA及其功能与通路研究 |
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| 引用本文： | 常绪生,韩廷,康争春,蔡慧,印慨.基于GEO数据库胃癌差异表达环状RNA及其功能与通路研究[J].临床军医杂志,2019,47(12). |
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| 作者姓名： | 常绪生 韩廷 康争春 蔡慧 印慨 |
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| 作者单位： | 海军军医大学附属长海医院 普通外科,上海,200433 |
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| 基金项目： | 上海市卫生和计划生育委员会科研课题重点项目 |
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| 摘 要： | 目的利用GEO数据库胃癌环状RNA(circRNA)表达谱数据,探讨胃癌差异表达circRNA及其富集的通路和参与的功能。方法首先在GEO数据库查询并下载胃癌circRNA表达谱数据,选择符合条件的3个数据集,分别为GSE78092、 GSE100170、GSE83521,对circRNA的命名进行整合和统一,在R.3.5.0环境下应用Limma包筛选差异表达circRNA,过滤条件为校正P<0.05,log2FC绝对值>1。然后,利用聚类分析热图筛选在正常组织和癌组织中区分度最佳的circRNA进行深入研究,分析其潜在作用的GO功能和KEGG通路。结果在整合数据中共发现13个差异表达circRNA,对其表达水平和组织样本进行聚类分析发现,hsa_circ_0009172、hsa_circ_0006089在正常组织和胃癌组织中差异表达最为明显。GO功能和KEGG通路发现hsa_circ_0009172可能在细胞粘附分子结合、转录因子活性等GO功能存在富集,可能通过P53信号通路发挥抑癌作用;而hsa_circ_0006089可能发挥钙粘蛋白结合、翻译调节活性等GO功能,可能通过癌症的转录失调信号通路、轴突引导信号通路发挥促癌作用。结论综合GEO公共数据库胃癌circRNA表达谱芯片数据,使样本量相对充足,筛选胃癌组织与正常组织间差异表达circRNA并进行深入研究是可行的,为胃癌相关circRNA的基础研究提供有意义的参考,将来可能为胃癌的个体化治疗提供分子标志物及治疗靶点。
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| 关 键 词： | 胃癌 差异表达环状RNA 功能 通路 |
Differential expression of circular RNA and its function and pathway involved in gastric cancer based on GEO database |
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