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根据2014年《中国科技期刊》引证报告（扩刊版）有关数据，对本刊对有关质量评估指标进行分析，2013年总被引频次为5686次，跟全国同科药学系列48种期刊相比（最高10996次，最低17次），《海峡药学》居第五位，引用刊数821（最高933，最低12），居第四位，来源文献量1772（最高5238，最低61），居第六位。学科影响指标0．87（最高0．92，最低0．04）居第三位。影响因子0．595，连年提升（2009年为0．214，2010年为0．312，2011年为0．411，2012年为0．476）。与2012年引证报告比较，总被引频次由3293提升为5686，由第十五为跃为第五位，引用刊数由694升为821，由第九位跃为第四位。