| 灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究 |
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| 引用本文： | 陈茵,李翠婷,姜倪皓,杨生超,陈军文,杨建文,张广辉. 灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究[J]. 中国中药杂志, 2014, 39(7): 1220-1224 |
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| 作者姓名： | 陈茵 李翠婷 姜倪皓 杨生超 陈军文 杨建文 张广辉 |
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| 作者单位： | 云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201;云南红河千山生物工程有限公司, 云南 泸西 652400;云南农业大学 云南省优势中药材规范化种植工程研究中心, 云南 昆明 650201 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（81260499，81260614）；云南省科技厅社会发展科技计划-中药现代化科技产业云南基地建设项目（2012CG025） |
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| 摘 要： | 目的： 通过对灯盏花转录组中SSR位点信息的分析，设计SSR引物，为开发新的SSR标记奠定了基础。方法：利用MISA工具筛选灯盏花转录组测序获得的52 060条unigenes，对其SSR位点信息进行了分析；Primer3设计SSR引物，随机选取36对引物对13株采自不同地方的灯盏花进行多态性扩增分析。结果：灯盏花转录组搜索到3 639个SSR位点，分布于3 260条unigenes上，SSR位点出现频率是6.99%。其中，二核苷酸重复是主要的类型，占总SSR的34.41%，其次是单核苷酸和三核苷酸重复基元，分别占总SSR的31.41%，30.04%。二核苷酸重复基元中以AT/AT和AC/GT为优势重复基元，占总SSRs的28.71%，三核苷酸重复基元以AAT/ATT为主，占7.94%。随机选取36对引物进行PCR扩增，其中34对（94.44%）扩增出清晰、可重复的条带，19对（52.78%）表现出多态性差异。利用UPGMA作图，将13个材料分为2类。结论：灯盏花转录组中SSR位点出现频率高，类型丰富；大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。
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| 关 键 词： | 灯盏花 转录组 SSR信息 多态性 |
| 收稿时间： | 2013-08-13 |
SSR information in Erigeron breviscapus transcriptome and polymorphism analysis |
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| CHEN Yin,LI Cui-ting,JIANG Ni-hao,YANG Sheng-chao,CHEN Jun-wen,YANG Jian-wen and ZHANG Guang-hui. SSR information in Erigeron breviscapus transcriptome and polymorphism analysis[J]. China Journal of Chinese Materia Medica, 2014, 39(7): 1220-1224 |
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| Authors: | CHEN Yin LI Cui-ting JIANG Ni-hao YANG Sheng-chao CHEN Jun-wen YANG Jian-wen ZHANG Guang-hui |
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| Affiliation: | Yunnan Research Center on Good Agricultural Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agricultural Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agricultural Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agricultural Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;Yunnan Research Center on Good Agricultural Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;Yunnan Honghe Qianshan Biological Engineering Co., Ltd., Luxi 652400, China;Yunnan Research Center on Good Agricultural Practice for Dominant Chinese Medicinal Materials, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China |
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