不同16S rRNA片段长度在微生物鉴定中鉴定能力的比较研究

目的 比较不同16S rRNA片段长度在微生物分类鉴定中的区别。方法 收集公共数据库NCBI中药典控制菌及相关细菌的16S rRNA序列，使用不同引物组合将16S rRNA序列截取为500 bp、1 000 bp、全长(～1 500 bp)的片段，通过BLAST进行序列比对并注释，获得相似度数据进行统计分析。结果 16S rRNA基因序列500 bp、1 000 bp、全长(～1 500 bp)均可以100%对药典控制菌及相关细菌鉴定到属水平，种水平的鉴定能力随着片段长度的增加而提高，其中500 bp长度可鉴定到90.73%的序列，1 000 bp可鉴定到94.04%的序列，全长(～1 500 bp)可鉴定到96.36%的序列。梭菌属、沙门氏菌属、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌使用3种片段长度均可满足药典控制菌的鉴定需要，而金黄色葡萄球菌鉴定使用全长(～1 500bp)的鉴定效果最佳。结论 16SrRNA序列片段长度越长鉴定效果越好，但在实际应用中考虑到成本因素推荐1 000 bp片段长度。大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌在实际鉴定中可能鉴定程度率不高。