| 宫颈癌相关基因HLA-DRB1编码区SNPs的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 李艳芸,邢军,徐垚,赵林胜,李燕妮,王玉川,张维铭. 宫颈癌相关基因HLA-DRB1编码区SNPs的生物信息学分析[J]. 生物医学工程与临床, 2006, 10(4): 250-253 |
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| 作者姓名： | 李艳芸 邢军 徐垚 赵林胜 李燕妮 王玉川 张维铭 |
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| 作者单位： | 天津医科大学实验中心分子生物学室,天津,300070 |
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| 摘 要： | 目的用生物信息学的方法建立筛选宫颈癌相关基因HLA—DRB1编码区SNPs的技术平台，筛选出与宫颈癌发病相关联的SNPs。方法使用SNPper软件从公共数据库dbSNP获得HLA—DRB1编码区的SNPs数据，在dbSNP数据库获取相应的FASTA序列，使用PARSESNP软件进行分析。结果在HLA—DRB1基因的编码区发现2个SNPs（rs1059576和rs1059582），其单核苷酸的变化会引发错义突变，PSSM Difference大于10，该突变为有害突变。另外rs9269958变异则引发终止密码子的产生。结论建立的生物信息学的方法可以对基因编码区的SNPs进行分析，在众多的SNPs中搜寻出序列保守区的变异，并给出评价标准，但是所得结果需要在宫颈癌与对照人群中进行试验验证。
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| 关 键 词： | 生物信息学 单核苷酸多态性(SNPs) 宫颈癌 人类白细胞抗原 |
| 文章编号： | 1009-7090（2006）04-0250-04 |
| 收稿时间： | 2005-08-15 |
| 修稿时间： | 2005-11-30 |
Bioinformatic analysis for coding single nucleotide polymorphisms (SNPs) of HLA-DRB1 gene involved in susceptibility for cervical cancer |
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| LI Yan-yun,XING Jun,XU Yao,ZHAO Lin-sheng,LI Yan-ni,WANG Yu-chuan,ZHANG Wei-Ming. Bioinformatic analysis for coding single nucleotide polymorphisms (SNPs) of HLA-DRB1 gene involved in susceptibility for cervical cancer[J]. Biomedical Engineering and Clinical Medicine, 2006, 10(4): 250-253 |
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| Authors: | LI Yan-yun XING Jun XU Yao ZHAO Lin-sheng LI Yan-ni WANG Yu-chuan ZHANG Wei-Ming |
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